実務としては，住民基本台帳（住民票）上の記載に基づいて処理することになっているようです。
住民基本台帳上の世帯主や世帯員の記載は，生活実態と齟齬をしていることがあり，異なる生活実態であることが証明されれば，それに基づいた処理をすべきと考えられます。
なお，世帯主に関する昭和３５年６月１３日年発第２００号厚生省年金局長通知は，
「主として世帯の生計を維持している者であって，国民年金の保険料の連帯納付義務を負う者として社会通念上妥当と認められる者」をとしています。
免除申請者が，世帯主の加入する健康保険の被扶養者になっている場合はどうでしょうか？その場合は，同一世帯であるとの評価を受ける可能性が高いと思います。
国民年金や介護保険と異なり，国民健康保険における保険料（税）納付義務者は世帯主です。（世帯主自身が国民健康保険の被保険者でない場合でも、世帯員に国民健康保険の被保険者がいるときは、世帯主が保険料（税）の納付義務を負うことになります。）
つまり、個々の被保険者は，保険料（税）納付義務者ではないことになります。また、加入や脱退等の届出義務者も世帯主が行います。したがって、保険料（税）の通知や被保険者証などは世帯主宛てに送付されることになっています。
国民年金保険料の免除に関する裁決例
裁決例では，税務申告上の扶養親族との関係で言及されたものがあるようですが，健康保険や国民健康保険との関係について特別の言及はされていないようです。